604년(수이코 12년) 쇼토쿠 태자의 요청으로 설립되었습니다 646년(다이카2)에 우지교가 건설되었을 때, 우지강의 홍수 조절과 왕래하는 사람들의 안전을 기원하기 위해 경내에 탑이 세워졌다고 합니다 이후 우지교의 보호와 관리를 맡았기 때문에 '하시데라'라고 불리게 되었습니다

도요토미 히데요시가 절에 바친 오색 양면 동백꽃이 절 경내에서 피어나기 때문에 "츠바키데라"라고 불립니다 최초의 동백꽃은 가토 기요마사가 도요토미 히데요시에게 선물한 것으로 전해지고 있으며, 흰색, 빨간색, 분홍색, 살구색으로 피어난 후 꽃잎이 하나씩 떨어지는 것이 특징입니다 매년 많은 꽃이 피어납니다

1228년(안사다 2년)에 하천관리를 맡은 보카시 세타노한간 나카하라 다메카네가 지장보살상을 발견했습니다 지장보살이 신탁으로 홍수를 막았다고 하여 '아메야미 지장보살'이라는 이름으로 여기에 모셔져 있으며, 이것이 주겐지의 유래라고 전해지고 있습니다 그 후 '아메스탑'이라는 말이 '메야미 지장보살'로 바뀌어 눈병 치료에 효능이 있는 것으로 알려지게 되었다고 합니다

추겐지 절의 통칭에 대해서는 다양한 설이 있습니다

헤이안 시대에 시인 후지와라 사네카타는 동료 시인 후지와라 유키나리와 말다툼을 했고 격분하여 유키나리의 왕관을 던져 버렸습니다 사네카타는 강등 명령을 받고 오슈(현재의 도호쿠 지역)에서 사망했습니다 사네카타의 사망 소식이 교토에 전해지던 때, 스즈메사 주지의 꿈에 사네카타라는 참새가 나타나 교토가 그리워졌다고 말했습니다 다음 날 성전 경내에서 참새 한 마리가 죽자 대제사장이 봉분을 쌓고 조용히 묻었습니다 이후 이 사원은 참새 사원으로 불리게 되었습니다

``니시진 소각''은 1730년(교호 15년)에 발생했습니다 교토 니시진 지역 전체를 불태운 대형 화재였음에도 불구하고 혼류지 절은 불타지 않은 채 남아 있었기 때문에 혼류지라는 이름이 붙여졌습니다 니시진 화재 당시 본당에 모셔져 있던 기시모토상이 여인의 모습으로 나타났고, 본당 앞 우물의 물을 본당에 부으면 불이 즉시 꺼졌다는 전설이 있습니다 현재 혼류지에서는 화재 위험으로부터 사람들을 보호하기 위해 기시모진 동상이 그려진 부적을 사람들에게 지급하고 있습니다

본당은 현재 복원 작업 중입니다